Trong năm 2006 loạt manga đã vào được trong danh sách 10 tác phẩm được đề cử tại Lễ trao giải Văn hóa Tezuka Osamu. Năm 2007, manga và phiên bản anime cũng lọt vào 10 tác phẩm được đề cử tại Liên hoan Nghệ thuật Truyền thông Nhật Bản. Sau đó loạt manga đã giành được giải thưởng lớn tại Lễ trao giải Văn hóa Tezuka Osamu và giải thưởng cho manga chung cho mọi đối tượng tại Lễ trao giải Kodansha Manga ngoài ra còn được đề cử tại lễ trao giải Manga Taishō năm 2008. Tác phẩm đã được chọn là một trong những manga hay nhất tại Nhật Bản trong năm 2008 do Tamaki Seto bình chọn.

Zoltan Fehervari đã khen nghệ thuật của manga với nhận xét "Tổng thể là xuất sắc với chi tiết sắc nét, nhân vật biểu cảm và hành động mượt mà". Brigid Alverson đưa ra nhận xét "Trong khi tác giả trưng ra các ý nghĩ hài hước của mình trong tác phẩm, thì chính nó lại mang tính chính xác trong khoa học có tính giáo dục!". Scott Green đã đăng cảm nghĩ của mình trên trang mạng Ain't It Cool News về sự thể hiện các vi khuẩn là "Có hình dáng cơ bản với các khuôn mặt" làm nổi bật sự khác biệt giữa thiết kế các nhân vật "Dễ thương và truyền cảm" cũng như "Các nhân vật xuất hiện với sự đầu tư kỹ lưỡng giới thiệu nhiều công việc với một nhịp điệu phong phú cùng các minh họa và ghi chú ngoài lề".

Tuy nhiên mật độ các thông tin được cung cấp dẫn đến việc "Cốt truyện tiến triển rất chậm. Dù cốt truyện không bị khựng lại nhưng tốc độ tiến triển quá chậm". Murakami Satsuki và Mio Bryce đã chỉ ra rằng "Điểm nhấn then chốt được trình bày liên tục thúc đẩy sự quan tâm của độc giả và truyền đạt sự hiểu biết hiệu quả dưới dạng giải trí, với các chủ đề khó nuốt chẳng hạn công nghệ lên men là sự thành công của Moyashimon". Jason Thompson thì đưa ra bình luận tại Manga: The Complete Guide là "Ishikawa đôi khi chú trọng vào các thông tin bên lề quá nhiều kết quả là trang chứa đầy chữ mà không tập trung vào cốt truyện hoặc phát triển nhân vật con người theo hướng vĩ mô". Carlos Santos tại Anime News Network đã nhận xét nghệ thuật của Ishikawa là "Bóng được chăm chút tạo ra chiều sâu và kết cấu trong mỗi cảnh cũng như thiết kế nhân vật đặc biệt cho từng người". Ed Sizemore tại Comics Worth Reading cũng khen ngơi về độ chân thật của hình ảnh cứ như phát họa lại đời thực nhưng dưới phong cách truyện tranh cũng như thiết kế hình dáng các vi khuẩn khi chú ý đến số lượng của các thiết kế này.

Jake Godek tại THEM Anime đã nhận xét về thiết kế các vi sinh vật là "Rất đáng yêu thật dễ dàng để nhận ra từng loại trong bộ anime và muốn ôm chúng." cũng như nói về phần âm nhạc là "Hấp dẫn hơn mức cần thiết" nhưng đánh giá về cốt truyện thì "Có cảm giác như cốt truyện đang được định hình từng bước trong quá trình thực hiện chứ không phải là trước đó". Carl Kimlinger tại Anime News Network đã đánh giá "Quanh cảnh trường đại học cho ta cảm giác: tự do, mới mẻ, khám phá, những người bạn cùng phòng xấu tính, các hoạt động học tập kỳ lạ". Khi đánh giá về bộ anime thứ hai thì Kimlinger nhận xét "Sắc nét hơn, các thiết lập chi tiết hơn, sống động hơn, với màu sắc tươi sáng và thiết kế biểu cảm hơn nhưng có một số điểm không hợp lý", về tổng chung thì "giàn lồng tiếng tuyệt vời" với "tốc độ dễ chịu" nhưng "Ba tập đầu có cảm giác cứ như bài giảng khoa học về thực phẩm".

Với bộ phim truyền hình thì Clarissa Graffeo tại Anime World Order đã nhận xét là "Nổi gai ốc" với cảnh thực tế về việc nếm một loại thực phẩm lên mem được gọi là kiviak. Erin Finnegan tại Anime News Network thì nhận xét là "Có vẻ như mỗi tập nuốt trọn cốt truyện của một quyển manga". Chris Beveridge đã đánh giá trên Mania.com là "Hình dáng các vi khuẩn gợi nhớ đến món đồ chơi người ngoài hình tinh trong phim Câu chuyện đồ chơi trừ việc chúng nhiều chuyện hơn" ngoài ra nhân vật gothic lolita thì bị đánh giá là "Nhân vật này trông rất xinh trong manga và anime nhưng không hợp với diễn viên", kết luận là "Moyashimon cường điệu tất cả mọi thứ nhưng giới hạn chuần mực hiếm khi đi quá xa, hơi ngốc nghếch và không thực tế để gây cười nhưng vẫn đúng với các khái niệm cốt lõi".